Nascut a Legazpi, després d'acabar els estudis musicals al Conservatorio Superior de Música de San Sebastián, Juan Kruz Diaz de Garaio Esnaola completa el seu currículum com a contratenor a l'Akademie voor Oude Muziek (Amsterdam). La trobada amb el coreògraf Marcelo Evelin, qui el convida a formar part de la peça de dansa Muzot, fa que es decideixi a explorar tot el potencial del seu cos com a instrument total i eina expressiva.
Després de treballar amb P.C. Scholten, Emio Greco, Arthur Rosenfeld o Lloyd Newson, entre altres, el 1995 coneix a Sasha Waltz, que el convida a formar part del seu ensemble, sent Allee der Kosmonauten el primer fruit de la seva llarga història de col·laboracions, en la que ha figurat com actor, director musical, compositor, assessor artístic i director d'assaig. En el seu propi treball com a director i coreògraf, Kruz mostra un interès particular en mesclar la seva experiència tant en la música com en la dansa, explorant la relació que es dóna entre ambdues disciplines i qüestionant el rol i la integració de la música dintre de l'espectacle teatral. Ferm defensor de les col·laboracions artístiques genuïnes, desenvolupa els seus projectes al seu voltant. Convida a l'artista Luc Dunberry (amb qui comparteix un gran cos de treball), Sidi Larbi Cherkaoui i Damien Jalet a cosignar la direcció del seu projecte d'avant. Altres col·laboradors inclouen a Joanna Dudley (My Dearest My Fairest, Colours may fade with friction...), Akademie für Alte Musik Berlin (4 Elementen - 4 Jahreszeiten, del que ARTE i Harmonia Mundi editaràn un DVD), Les Monts du Reuil (direcció y posada en escena de l'òpera de Duny-Laruette-Anseaume Le docteur Sangrado, estrena a la Opéra de Reims -França- el gener 2014, loscorderos.sc, MOPA (Espérame despierto), Stephanie Thiersch. El seu treball més recent inclou Casi, per Danza Contemporánea de Cuba, i Romances, un encàrrec de la Bienal de Flamenco de Sevilla 2012, que va ser premiat amb el Giraldillo a la millor direcció. Juan Kruz dóna cursos i màster-classes de manera habitual per tot el món.